粗粒化蛋白质模型 + 显式水模型 研究蛋白质的溶解过程。
开源项目
py_sdvb
一个傻傻的 terminal 里面可以使用的字典软件。 可以比较方便地进行正则表达式搜索。
esnippets
快速输入必备法宝。 我自己的 Emacs snippets for yasnippet.
PyWMLogo
一个简单的生成 content logo 的小工具。 输出格式是 svg.
pinang
为分析 PDB 及 CafeMol 轨迹等写的小工具。 代码结构比较完整， 应该易于扩展。
respac_batch
为 RESPAC 计算而写的小脚本， 一步到位计算简化模型中蛋白质的表面电荷分布。
spacemacs_layers
我自己的 spacemacs 配置 (init.el) 及额外的 layers。
cafemol-mode
为 Emacs 写的一个 major mode， 用来方便地浏览和修改 CafeMol input file.